בישראל, שיטת ניכוי מס במקור מבוצעת על ידי ניכוי מס הכנסה מהמשכורת החודשית של העובד. המס נגבה מידי חודש על פי טבלת מדרגות המס שנקבעה על פי ההכנסה החודשית. זה אומר שהעובד לא צריך לחכות לסוף השנה כדי לשלם את המס, אלא שולם באופן רציף ואוטומטי על ידי מעסיקו.

אם במהלך השנה הייתה עלייה או ירידה בשכר העבודה, או שהייתה עלייה או ירידה במס המתקבל, יתכן שיהיה זכאות להחזר מס לשכירים. זכאות זו נקבעת על ידי האגף המסה במידה ויש הפרש בין המס הנגבה במהלך השנה לבין המס הנדרש לפי ההכנסה השנתית הסופית. העובד יכול להגיש בקשה להחזר מס באמצעות האגף המסה, ובהתאם להערכתם של השירותים המסים, עלולים לקבל החזר מס על הפערים במידת הצורך.

לסיכום, במערכת המס בישראל, ניתן לקבוע את מדרגת המס במהלך השנה על ידי ניכוי מס הכנסה מהמשכורת חודש אחר חודש. אם ישנם שינויים בשכר או במס הנדרש, ניתן לבקש החזר מס בסיום השנה בהתאם להערכת השירותים המסים.